Bu sezon yer aldığı TFF 3. Lig 3. Grup'taki maçlarına çıkmayan Yeni Malatyaspor, Türkiye Futbol Federasyonu Profesyonel Futbol Disiplin Kurulunun (PFDK) kararıyla amatör lige düşürüldü.
Kuruluşundan itibaren farklı liglerde mücadele eden Yeni Malatyaspor, 2006-2007 sezonunda 3. Lig'e, 2009-2010 sezonunda ise 2. Lig'e yükselerek profesyonel liglerdeki yolculuğunda yeni bir döneme girdi.
Malatya temsilcisi, 2014-2015 sezonunda 2. Lig Beyaz Grup'ta şampiyon olarak 1. Lig'e yükseldi.
Sarı-siyahlı takım, 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak Süper Lig'e çıkma başarısı gösterdi.
Yeni Malatyaspor, 2017-2018 sezonunda tarihinde ilk kez Süper Lig'de mücadele etti.
Süper Lig'deki sezonunu 10. sırada tamamlayan Malatya ekibi, 2018-2019 sezonunu ise 5. sırada bitirerek tarihinin en başarılı derecelerinden birine imza attı.
Aynı sezon Ziraat Türkiye Kupası'nı lig şampiyonu Galatasaray'ın kazanmasıyla UEFA Avrupa Ligi'ne katılma hakkı elde eden Yeni Malatyaspor, Avrupa kupalarında Türkiye'yi temsil etti.
Sarı-siyahlılar, UEFA Avrupa Ligi'nde 3. eleme turuna kadar yükselmesine rağmen Avrupa macerasını bu turda noktaladı.
Yeni Malatyaspor, 2019-2020 sezonunda Süper Lig'i 16. sırada tamamladı. Ancak Kovid-19 salgını nedeniyle Türkiye Futbol Federasyonunun küme düşmeyi kaldırmasıyla Süper Lig'de kalmaya devam etti.
Malatya temsilcisi, 2020-2021 sezonunu 15. sırada tamamlarken, 2021-2022 sezonunu ise son sırada bitirerek Süper Lig'e veda etti.
